W dniu 19 marca 2009 r. Fundacja wystąpiła do Prezesa IPN z wnioskiem o dopuszczenie do udziału w charakterze organizacji społecznej w prowadzonym przez ten organ postępowaniu w sprawie odwołania Lecha Wałęsy od decyzji Dyrektora Oddziału Instytutu Pamięci Narodowej w Gdańsku o odmowie udostępnienia części dotyczących go dokumentów organów bezpieczeństwa państwa. Stosownie do przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego, stosowanych w postępowaniach o udostępnienie dokumentów przez Instytut Pamięci Narodowej, sprawa powinna zostać załatwiona bez zbędnej zwłoki, nie później jednak niż w terminie miesiąca.

W sytuacji braku odpowiedzi na wniosek o dopuszczenie, Fundacja wezwała w dniu 29 czerwca 2009 r. Prezesa IPN do usunięcia naruszenia prawa w postaci bezczynności w sprawie wniosku Fundacji. Stosownie do przepisów ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, Prezes IPN powinien był udzielić odpowiedzi na wezwanie w terminie 30 dni.

Wobec dalszego braku jakiejkolwiek reakcji ze strony Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej na pisma Fundacji w dniu 20 sierpnia 2009 r. Helsińska Fundacja Praw Człowieka wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na bezczynność Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej - Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w rozpoznaniu wniosku Fundacji o dopuszczenie do udziału w charakterze organizacji społecznej w postępowaniu przed Prezesem Instytutu w sprawie udostępnienia Panu Lechowi Wałęsie dotyczących go dokumentów komunistycznych organów bezpieczeństwa państwa.

Postanowieniem z dnia 29 października 2009 r. Prezes Instytutu Pamięci Narodowej dopuścił Helsińską Fundację Praw Człowieka do udziału w postępowaniu prowadzonym przez Prezesa IPN w sprawie odwołania Pana Lecha Wałęsy od decyzji nr 4/09 Dyrektora Oddziału IPN w Gdańsku z dnia 22 stycznia 2009 r. odmawiającej udostępnienia wnioskodawcy części dotyczących go dokumentów organów bezpieczeństwa państwa.

W okresie braku aktywności ze strony Prezesa IPN, Helsińska Fundacja Praw Człowieka podjęła wszelkie dostępne środki przeciwdziałania bezczynności organu administracji publicznej, poczynając od wezwania do usunięcia naruszenia prawa w postaci bezczynności, przez skargę na bezczynność Prezesa IPN do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, kończąc na złożeniu w tym sądzie wniosku o nałożenie na Prezesa IPN grzywny za nieprzekazanie sądowi wniesionej przez Fundację skargi na bezczynność wraz z aktami sprawy i odpowiedzią na skargę.

Postanowieniem z dnia 25 marca 2010 r., sygn. akt II SO/Wa 12/10, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie nałożył na Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej grzywnę w wysokości 2 500 zł za nieprzekazanie w ustawowym terminie Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie skargi Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka na bezczynność Prezesa IPN w rozpoznaniu wniosku Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka o dopuszczenie do udziału w charakterze organizacji społecznej na prawach strony w postępowaniu z odwołania Pana Lecha Wałęsy od decyzji Dyrektora Oddziału IPN w Gdańsku o odmowie udostępnienia wnioskodawcy części dotyczących go dokumentów komunistycznych organów bezpieczeństwa państwa.

Motywując swoje postanowienie, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie podkreślił w jego uzasadnieniu m.in., że: w odpowiedzi na wniosek o wymierzenie grzywny organ nie podał jakichkolwiek okoliczności usprawiedliwiających tak duże opóźnienie w przekazaniu do Sądu skargi wraz z odpowiedzią i aktami administracyjnymi. Powołał się jedynie na fakt wypełnienia obowiązku wskazanego w art. 54 § 2 p.p.s.a., co jednak nastąpiło dopiero po doręczeniu organowi odpisu wniosku o wymierzenie grzywny.

Sąd wskazał ponadto, że: biorąc pod uwagę opóźnienie organu w przekazaniu skargi Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka z dnia 20 sierpnia 2009 r. do Sądu (35 dni), brak jakichkolwiek wyjaśnień ze strony Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu uchybienia terminu wskazanego w art. 55 § 2 p.p.s.a., ale także fakt, że po złożeniu wniosku o wymierzenie grzywny skarga została przekazana do Sądu wraz z odpowiedzią na skargę i aktami administracyjnymi Sąd uznał, że grzywna w wysokości 2500 zł będzie adekwatna do okoliczności niniejszej sprawy.